Имея опыт работы в качестве научного сотрудника по психиатрии и поведенческим наукам в Стэнфордском университете, Юрген Марграф занимал преподавательские должности в университетах Берлина, Дрездена и Базеля. В 2009 году он стал первым психологом, который удостоился профессорского звания имени Александра фон Гумбольдта, самой уважаемой в Германии научной награды. Сейчас он заведует отделом клинической психологии и психотерапии в Ruhr-University Bochum, а также руководит кафедральной амбулаторной клиникой. Его работа в области охраны психического здоровья сфокусирована на слиянии психологических, биологических и социальных факторов.